Hasta donde se el FC va en la consola y no cambia tras formatearla..Asi que lo mas probable es que al amigo le hayan reemplazado la consola..
Por otra parte he de aclarar que el Mii (todos los que tengas/hagas) se almacenan en la Nand de la consola al igual que tus juegos DSi+saves y los progresos que hagas en los rescates mii y derivados (los primeros paneles por ejemplo)..Creo apartir de los primeros paneles descargables ya se empiezan a guardar en la SD y de paso (como curiosidad) ¿los datos de la nueva plaza mii van tambien en la SD o fue un reajuste de firmware??