Obviamente si tienes sectores defectuosos vas a perder espacio de almacenamiento, pues estos estaran en particiones no usables más o menos grandes segun la cantidad que tenga,
Lo más habitual es que los sectores defectuosos esten concentrados en una misma zona, y al final aparezcan tres particiones, una con el espacio inicial en buen estado, otra que contendrá los sectores defectuosos y una tercera con el resto del espacio del disco duro.
Si tienes suerte y esa primera particion es mayor de 30 Gbytes, podrás instalar Windows. Si es menor, (por ejemplo de 10 Gbytes), yo lo que suelo hacer es formatearla en NTFS y ocultarla, para luego usarla como destino de una imagen de clonacion de la particion de Windows.
Si esa partición primera es demasiado pequeña, la formateo en EXT3 y oculto para no utilizarla.
Luego el espacio de la particion mas grande lo divido en dos, una particion para Windows (que la suelo dejar el 60 Gbytes) y el resto para particion de datos (fotos, musica, documentos...).
Si el disco esta muy "cascado" tendrá sectores defectuosos distribuidos por todo el disco duro y te apareceran muchas particiones alternando espacio utilizable con el que no lo es, lo cual convierte el disco duro en una sucesion de particones que pueden ser en la practica no utiles (por ejemplo muchas particiones de 5 o 6 Gbytes).
Llegado el caso, hay algun programa de particiones que permite "juntar" de forma virtual esas particiones para que ese espacio aparezca como un unico espacio, pero en la practica no lo he llegado ha hacer nunca, por lo que no te puedo decir si esa solucion puede ser practica o no.
En todo caso, los discos duros con sectores defectuosos deben ser cambiados o usados con cuidado, teniendo en cuenta que pueden fallar del todo en cualquier momento.
El proceso que te he mencionado, lo suelo usar en ordenadores viejos en los que no merece la pena gastar dinero, como pueden ser netbooks o portatiles con más de ocho años.
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