En principio si se puede pinchar, los contactos coinciden, de forma que el PCIe de la placa va a funcionar a la velocidad de la tarjeta, osea, una ranura de 16x puede funcionar a 8x a 4x y 1x, segun la tarjeta que se pinche, y las velocidades dependen solo de los contactos, menos velocidad, menos contactos usados.
Lo que yo no se, es si se puede pinchar una tarjeta cualquiera, de sonido, TV.... en una ranura PCIe 16x principal, destinada a la grafica.