mkv he probado pocos y de alta definicion menos aún pero no creo que tengas problemas. La forma más facil que se me ocurre es usando el programa MediaCoder, que es gratis y además te puedes bajar la versión "zip" que no necesita ningún tipo de instalación.
Solo hay que configurarlo 1 vez, las opciones se guardan para la próxima vez que abras el programa.
- audio: Nero encoder, stereo, LC-AAC, y si quieres marca Normalize
- video: marca "Copy Video" y en contenedor pon MP4 (con esto deja el video original tal cual estaba, sin recomprimir, y cambia el contenedor de MKV a MP4)
- Muxer: "Auto Select"
- Picture: desmarca la opción "Frame Rate", que no se por qué vendrá marcada por defecto ¿?
Si el mkv está comprimido con h264 lo más seguro es que la única forma de verlo sea recomprimiendo todo a wmv. En cambio si está con x264 creo que con lo que he puesto arriba debería ir bien, pruebalo y nos comentas...