¡Joder como la estais liando!
A ver, para sacar el .sav de una backup del M3 no hace falta ningún programa convensor de .dat a .sav, ni hay que renombrar los .sav
Simplemente, con el GameManager (el programa del M3 para meter las backups a la SD/CF), una vez que estamos en el la raíz de la SD/CF (es decir, en la ventanita de la derecha nos aparecen los juegos que tenemos metidos en la SD/CF) pinchamos dos veces sobre el juego del que queremos extraer la partida y nos aparecerá un diálogo para sacar o meter el .sav
De esta forma, si queremos tener un juego parcheado con la última versión pero sin perder nuestra partida, primero extraemos el .sav como lo he explicado arriba, luego borramos el juego de la SD/CF (tanto el .nds como el .dat correspondiente) cargamos&parcheamos de nuevo el juego con la última versión del GameManager, clicamos dos veces en el juego y desde la nueva ventanita cargamos el .sav que hemos creado antes.
Respecto a la compatibilidad entre versiones de un mismo juego, creo que ya ha quedado bastante claro que hay juegos que sí y otros que no, igual que ocurre con la GBA.
Y por último para Nosgoroth, decir que no deverías tener ningún problema, ya que el programa lo hicieron para eso (entre otras cosas).
Espero haberos aclarado un poco las cosas. Como veis, es mucho más fácil de lo que pensabais y no hace falta ningún programa aparte del GameManager.
Un saludo a todos