Sí que se puede, pero la compatibilidad es más bién baja. Si no recuerdo mal, solo se podian cargar algunos juegos y la limitación no era solo de capacidad de flash sino, como digo, de compatibilidad del flash.
Aquí tienes una página donde te viene el parcheador que necesitas y unas instrucciones, pero vamos que es sencillo, tienes que arrastrar el backup hasta éste (NDSPatcher.exe) y soltar, de tal forma, que se creará un fichero backup.nds.gba que será el que tendrás que copiar al cartucho flash.
Ojo, necesitas tener un passme (ó similar) ó bién el flashme para que funcione, al igual que ocurre con otros sistemas como SuperCard ó M3.
Había por ahí una lista de los backups que funcionaban en flash advance, pero ve y busca ahora donde era...
No es complicao, pero si tienes problemas ya lo dices.