con iso te refieres a una imagen.cdi o imagen.iso?
grabar una imagen.iso no se si funcionara, pero grabar una imagen.cdi y despues usar el cdi2nero si se puede y de hecho yo lo hago asi porque no puedo grabar cds con el discjuggler, y por ahora no me ha dado problemas, lo unico que debes hacer es meter el cd, arrancar el dj y elegir, nuevo, cd player to image, indicas el nombre del fichero donde lo quieres grabar y le das al start(si el cd que quieres grabar es de 80' debes indicarlo en las opciones,defaults,max size image:80, y si vas ha grabar de 74' pues lo mismo, haz este cambio antes de elegir nuevo, etc, por que si no, no te detecta el cambio).
una vez grabado en el disco duro, ejecutas el cdi2nero y seleccionas el fichero, le indicas el nombre del fichero que creara en formato.nrg.
despues abres el nero, eliges, file, burn image y eliges el fichero.nrg, y le das para continuar.
te saldra un mensaje advirtiendote que lo grabara en una sola sesion y que despues de grabado ese cd no se podra leer, tu le das que si, te lo graba y a jugar.
este metodo se usa mas que nada para los juegos en formato .cdi y para copiar un cd que tiene autoarranque.
lo que preguntabas de donde se encuentran los ficheros, pues siguen estando en el cd solo que el ordenador no los lee, lo mismo que si metes un dvd en un lector de cdrom.
espero que te funcione!