Asegurate que compilas el traydock principal del programa. M'explico, amsn, al menos en la versión RPM, crea además de la carpeta del programa más a parte una en el directorio home del usuario: ~/amsn/plugins/traydoc
y otro para el propio programa, en mi caso: /usr/local/amsn/plugins/traydoc
Yo en un principio lo hice en home i no funcionó, si es tu caso prueba a hacer todo el proceso de instalación en el directorio del programa.
Como bien han dicho antes sigue el Readme y ejecuta todo lo necesario:
# ./configure
# make
Por último, en la ventana del programa deberás habilitar el traydock, marcando la opción Herramientas>Acoplamiento.
Un saludo!