Como te ha dicho Frogcoin la rapidez del Hd así, como la compatibilidad del mismo con copias de seguridad, es mucho mayor que el USB.
No obstante a la hora de decidirte por uno u otro tienes que tener en cuenta la PS2 que tengas, ya que en las Slim, no puedes conectar un HD con un adaptador de red como se podía hacer con las gordas y tendrás que hacer soldaduras a la consola, perdiendo así su garantía.
Yo particularmente teniendo la PS2 Slim he optado por el Usb, no he perdido la garantía, puedo jugar con copias de seguridad de mis juegos y además es muy sencillo de utilizar gracias al fantástico tutorial de Boticario.
Al final la decisión es propia de cada uno, pero, en mi opinión, si tienes la consola tocha yo optaría por el HD; si no, por usb.
Saludos