Según entiendo, salvo el espacio proporcionado para almacenar el firmware (y en el la configuración de las conexiones WiFi), el hardware tiene poco que ver.
El soporte de los protocolos esta integrado en el software que pretenda usar el Hardware WiFi de la DS. Si por ejemplo se quisiera que el MarioKart DS soportara otros protocolos seria necesario reescribir parte del código del juego para implementarlos.
Es posible que el Homebrew soporte otro tipo de codificaciones en un futuro, pero todabia lo veo lejano.