Os estáis liando. Las frecuencias no se corrigen al volver del modo de gamecube - símplemente se resetea el sistema y con ello las frecuencias vuelven al valor por defecto automáticamente. Si el valor por defecto no es el correcto (por ejemplo si el sistema arranca en una velocidad mas lenta "segura"), será algo de configuración que hará el menú del sistema o puede que incluso IOS, pero ponte tu a encontrar eso. Si hay algo que va a decirnos como se cambian las frecuencias es MIOS, ya que es relativamente pequeño y contiene llamadas a printf informativas cuando se realiza el cambio, con lo que es fácil de encontrar.
El timer no tiene nada que ver. Eso es un timer periódico del sistema, que es una parte básica de cualquier sistema informático moderno, ya que gobierna la temporización de los procesos. Es el encargado de pausar el código que se esté ejecutando en un momento dado y devolverle el control al núcleo del sistema, para poder implementar la multitarea. Por ejemplo, en un PC con Linux, salta cada 10ms (kernels viejos) o cada 10ms, 4ms, o 1ms (kernels nuevos), con lo que la CPU va dando saltos de aplicación en aplicación cada ese tiempo.