La verdad, no sé si sería posible, supongo que te referirás de forma nativa. Ya han comentado algo, el propósito de incluír en la Megadrive un Z80 a 3.58mhz y un chip de sonido Texas Instrument es precisamente el de ejecutar de forma nativa código de Master System, la cual tiene eso mismo en sus entrañas. Este es también el motivo de que la Megadrive 2 no sea compatible con el Master System Converter ya que carece de dichos chips (reducción de costes). Dicho esto, ya que el MegaCD no tiene el hardware necesario queda descartado en MegaCD (1 y 2) con Megadrive 2. Ahora, si sería posible cargador desde MegaCD, mediante un disco con roms libres y algún soft que permitiera acceder al Z80 y realizar el mismo trabajo que hace el MS Converter... pufff, qué decir. Por otro lado, para usar roms por qué usar un sistema original y no un pc o máquina emuladora cualquiera, que mas daría? Si la gracia de una consola retro está precisamente en ejecutar nativamente cartuchos originales de hace 20 o más años y no lo hacemos no merece la pena. En resumen, la pregunta es curiosa pero la utilidad real es escasa.
Saludos!