Buenas.
A ver, la velocidad de transmisión del serial ATA es muxo mayor q la de los últimos bus en paralelo, sobre los 150 Mb/s. Esta cifra irá aumentando en poco tiempo sin ningún problema.
Al usar una tarjeta PCI crearás un cuello de botella,al no estar directamente en contacto con la placa, no aprovechando el serie al 100% pero aún sigue siendo muxo mejor q el paralelo.
Ya que vas a tener un HD de buena velocidad te recomiendo el SATA, te merecerá la diferencia.
Un saludo.