No, no es por eso, da igual que queden restos de Windows. Yo diría que el disco está roto. No se debería colgar en la comprobación de los discos duros, dale algo de tiempo a ver, y trata de probarlo en otro ordenador.
Sí se pueden conectar discos SATA en caliente, pero lo tienen que soportar tu placa base, así que mira el manual de la tuya. Si no estás seguro, no lo pruebes o te puedes cargar algo.