No debería, depende si el programa al desinstalarse borra los datos de usuario o no, cosa que no suelen hacer los programas. De todas formas si quieres actualizar no hace falta que desinstales, simplemente instala la nueva versión y se actualizará la vieja.
Y aunque se borrase el listado, siempre podrías volver a añadir los archivos .torrent y luego se verificarían los datos descargados, que nunca se borrarían por esto.