Buenas,
Yo, por mi experiencia, te puedo decir que al desinstalar VirtualBox no pierdes ni la configuración de las máquinas vituales, ni los datos de los discos. Se mantienen en la carpeta que, si es la que usa VirtualBox por defecto, al reinstalarlo se volverán a tener disponibles sin más.
Mira, acabo de hacer la prueba por tí. Desinstalé la versión que tenía, instalé la más actual y todas mis máquinas virtuales intactas.
Sin embargo, hacer una copia de seguridad no está de más para tener la seguridad de que no las perderás en cualquier caso.
Saludos.