Es que flashear y poner un chip no es lo mismo.
Flashear no afecta al hardware propiamente dicho, sino que modificas el firmware de la consola (o parte de él). Por el momento, no es posible en Wii.
Chipeando que yo sepa de momento no afecta al online. Puedes tener problemas con las actualizaciones que algunos juegos llevan (aunque por el momento se pueden solventar)