si recuperas el perfil de live es normal que pierdas los progresos desde la última vez que conectaste, ya que no saben lo que avanzaste.
Si pasando con un pen te dió problemas... esa consola flasheada no estará baneada? si es asi te corrompe los perfiles al usarlos. También hay algunos pendrives que no van muy bien con la consola, y al cambiarlos de consola, se pierden datos; ya me pasó con algunos pendrives de determinadas marcas.