Si la instalación de ubuntu que tienes hecha, está hecha con particiones separadas (/home y / en 2 particiones por separado), no hay problema, tienes que hacer lo siguiente, en el instalador, cuando toque el particionado, vas a MANUAL y dejas asi las particiones:
-la antigua / -> sistema de archivos ext4, punto de montaje /, formatear
-la antigua /home -> sistema de archivos ext4 (si es el que tenías ojo), punto de montaje /home, NO formatear (fijate no marcar la opcion y que no se marque y listo)
No se borrara la home a no ser que la marques, tienes que dejar el mismo sistema de archivos que tiene y ya. luego estarian todas las configuraciones y demases ahí, aunque cabe destacar que a veces trollea el tema de los permisos (por experiencia, aunque no sé bien si es debido a cambios de distribución o a qué, pero instalando una nueva distro, conservando la /home de la vieja, asignando la misma carpeta vieja a mi nuevo usuario de la nueva distro, no iniciaba la sesion ni nada por fallos de permisos, teniendo que renombrar la carpeta para que se creasen todas las configuraciones de nuevo, luego mover los archivos viejos a la nueva carpeta personal, y luego cambiando permisos... pero no tengo claro cuando pasa y cuando no pasa)