Es que cuando transfieres lo único que se pasan necesariamente son las partidas. Los juegos no hace falta pasarlos porque o bien los tienes en cartucho, o en la SD (que basta con ponerla en la nueva consola) o bien los puedes volver a bajar de la eShop en cualquier momento.
Esta herramienta se hizo para las partidas, la nube no soluciona todo porque no vale con todos los juegos.