Quizás no sea el lugar más adecuado para preguntar esto ya que es un termino que se aplica a programas en general...
El caso es que el significado viene a ser algo así: son programas que muestran en un entorno gráfico las opciones de un programa de linea de comandos.
Los programas en linea de comandos son los llamados de "MSDOS" (mal dicho, pero sirve el ejemplo) y el entorno gráfico suele referirse a Windows (cualquier otro entorno con ventanas, botones, etc sirve)
un ejemplo: el programa de comandos sería el hdlpatch0.6 y el frontend sería el AIO 2.5.2
Espero no haberte liado más.
Un Saludo.