No se si he entendido bien la pregunta. Para instalarlo todo, lo primero que hice fue grabar un cdrw con el boXplorer (un programa gestor de archivos) en la raiz, de manera que la arrancar el disco se autoarrancase este programa. Dentro del disco tenía también varios directorios con algunas utilidades que queria instalar (EvoX, DVDX, emuladores...).
Excepto el Evox, todos los programas se instalan copiandolos al disco duro. Para el Evox, tienes que meterlo todo en C:, habiendo renombrado antes "xboxdash.xbe" por "msxboxdash.xbe", por ejemplo. Esto es un backup del dashboard original.
Con el Evox instalado lo del ftp es coser y cantar. Yo lo hice así la 1ª vez para ahorrarme lios con la configuracion de red, ya que con Evox es todo mucho más fácil.
No estoy seguro de que fuese esto lo que preguntabas, pero espero haberte sido de ayuda.