Yo uso Allway Sync Pro desde hace años (la licencia salió casi regalada) y funciona muy bien para sincronizar información entre diferentes equipos (puede instalarse como aplicación portable), o usar discos externos como copia de respaldo de determinados archivos, definiendo tareas, reglas, etc. Es muy sencillo de usar y fiable a la hora de resolver conflictos (imho, claro).
Y si, además de los detallados por naeru, quieres probar alguna aplicación gratuita, podrías echar un ojo a Toucan, que es GPL, de código abierto y multiplataforma.
Pero para lo que detallas, creo que lo mejor sería que instalaras un segundo disco duro en RAID 1 (llamado "modo espejo"), de manera que te despreocuparas de copiar nada. Se hace de modo automático, totalmente transparente y siempre tienes una copia idéntica a la de tu disco, actualizándose cualquier cambio en tiempo real.
