Puedes cambiar la carpeta destino donde van los saves,modificando el archivo retroarch.cfg:
si son savestates lo que quieres--> "savestate_directory =ruta_deseada"
si son los saves de la ram de cada juego-->"savefile_directory =ruta_deseada"
lo que no se si te funcionará eso que dices,pero inténtalo, pon de ruta una carpeta de tu pc sincronizada con dropbox y en el móvil lo mismo, y a ver que pasa