¿Todos los archivos de audio que remultiplexaste al MKV originalmente venian en un mismo archivo o son de diferentes fuentes?
Si son del mismo archivo MKV, lo que debes hacer es con MEDIAINFO ver las propiedades de codificacion del MKV original, lo que buscamos es la velocidad de cuadros o Frames per second [FPS] y la relacion de aspecto.
Ejemplo:
MediaInfo escribió:..
Video
ID : 1
Formato : AVC
Formato/Info : Advanced Video Codec
Formato del perfil : High@L3.1
Ajustes del formato, CABAC : Si
Ajustes del formato, RefFrames : 5marcos
Modo Muxing : Header stripping
ID Códec : V_MPEG4/ISO/AVC
Duración : 24min.
Ancho : 1 280pixeles
Alto : 720pixeles
Relación de aspecto : 16:9
Velocidad de cuadro : 23,976fps
ColorSpace : YUV
ChromaSubsampling : 4:2:0
BitDepth/String : 8bits
Tipo de exploración : Progresivo
Título : Video Raw AVC
..
En MKVMergeGUI arrastras tus archivos que extrajiste que me imagino incluyo el video [archivo *.264], los arrastras a la ventana del programa, seleccionas el componente de video de la lista que tienes y en la pestaña "Format Especification Options" colocas tanto la velocidad de cuadro como relacion de aspecto que encontraste del MKV original. Dale un nombre al nuevo archiovo MKV y pulsa el boton STAR MUXING, prueba tu nuevo archivo, si tiene el mismo problema has lo siguiente, para esto no has cerrado aun la ventana del MKVMergeGUI.
Seleccionas de la lista el audio que este desincronizado, vas a la pestaña "Format Especification Options" y en el campo "Delay" colocas la cantidad suficiente para atrasar o adelantar la reproduccion del audio, las cantidades se expresan en milisegundos [ms], donde 1000ms son 1segundo, por ejemplo, si el audio se atrasa 3s pones un valor de "-3000", con eso le pedimos que se reproduzca 3s antes el audio que el video, si por el contario se adelanta 3 segundos ponemos "3000", en el subtitulo es lo mismo.
Si tienes un audio que empieza bien sincronizado pero conforme avanza el video se comienza a retrasar o adelantar tu problema si requiere de que recodifiques el audio en un editor de video para que se sincronize o empalme.
hilo_necesito-programa-para-extraer-audio-de-un-divx-y-ponerle-otro_1601658hilo_hacer-que-dos-audios-duren-el-mismo-tiempo-a-la-misma-velocidad_1625822