Pues el más común suele ser que haga un ruido como clak-clak-clak-clak-clak, pero claro, eso es cuando el disco ya ni se reconoce, pero eso que dices que te sigue funcionando... lo normal es que al formatearlo se hubiera arreglado (si la fragmentación hubiese sido el problema). Si la Ps3 está en garantía te recomiendo que tires de ella, si ya no tiene sería conveniente sacarlo y probarlo en alguna caja externa o probar otro nuevo, por si el problema no es del disco duro.