este es mi caso y de esta manera a mi el mando me vuelve a funcionar sin `problemas, pero es un rollo pero por ahora hasta que no saquen algo los de megabox, es lo que hay espero que te sirva:
cunado estes en megabox el mando parpadeara sin aprar(los 4 leds) pues cunado le des a ir a menu de ps3, cuando estes alli conectas el cable y le das a ps hasta que sincronice, despues manten el ps apretado y apaga el mando luego quita el cable y dale al boton ps del mando, deberia sincronizarte, si asi tampoco te sincroniza, hazlo mismo pero en vez apagar el madno apaga la consola, quita el cable y luego enciende la consola con el mando y deberia sincronizarte, y si por lo que fuere no te deja encender desde el mando enciende desde la consola con el mandodesenchufado del usb, si no te funciona el mando inhalambricamente, te recomiendo que quites megabox hasta que el tema quede solucionado ,asi al menos podras jugar hasta que la cosa mejore, pero vamos te debe de funcionar porque ami me pasa lo mismo y con uno de los metodos que te comento, el mando me vuelve a funcionar sin el cable usb, es un rollo pero bueno poco a poco, por cierto m mando es un dualshok3, no se si sera por eso, pero bueno...espero que te sirva de ayuda, saludos