Si quieres sencillez y a la vez fiabilidad de que podrás usarlo siempre, lo que te recomiendo es coger Sky3DS pero tener la consola con una emunand, como Roxas CFW o KARL3DS.
Aun no estan disponibles para la New, pero van a salir en breves esos CFW, así que yo diría que es lo mejor, de lejos..
Como la versión no influye para jugar backups, no actualices la consola todavía y cuando este disponible el roxas, se lo pones y te olvidas. Cuando bloqueen la Sky3DS, en roxas se puede desbloquear facilmente y podrás seguir usándola.