Te refieres el soporte de skype para empathy?, busca eskype en tu repositorio, no se que distro usas, lo que recuerdo es que necesita usar para ello skype-wraper o algo asi, pero no es ejecutar nada, solo lo instalas y ya funciona.
Aunque a mi ultimamente no me funcionaba skype-wraper y lo quite, hay que tener en cuenta que recientemente han sucedido un par de actualizaciones de Skype en GNU/Linux y este no es software libre (con todas sus consecuencias como estas :S).
Lo del sonido, mira en las opciones de sonido de skype y del sistema y haz las pruebas con el usuario echo que te viene por defecto.
