Si, claro que se puede por WiFi. Lo probé con una SuperCard en Mario Kart DS y Tetris DS y va de PM. No te bloquean el juego ni nada. En M3 y otras no lo sé por experiencia personal, pero estoy casi seguro que van a la perfección también.
Lo único que sé que puede tener problemas es el DS Download si tu consola está flasheada y la otra con la que usas el Download no.