Dejalo en autómatico, la placa base tiene prestablecido un mapa de velocidades optimizado, depende que temperatura del procesador ira acelerando el ventilador.
Por eso no te preocupes, dejalo en auto.
Si tu placa ofrece la función de modificar el mapa de velocidades, puedes controlar el mapa del ventilador y ajustarlo a tu gusto.
Por ejemplo, a 40 grados, que el ventilador se ponga a 1000RPM.
Un saludo