No, el que viene con la consola es el Zelda Collectors Edition, que incluye el Ocarina of Time, Majoras Mask, Zelda y Zelda II. Ese no se puede modificar para utilizarlo con otros juegos.
El que se necesita es el disco Ocarina of Time + Master Quest que venía con el Zelda: Wind Waker. Tienes que hacer una imagen de ese disco a tu PC, hacer una imagen del juego de N64 que quieras emular al PC y con un programa cambiar la rom incrustada en la imagen del juego de GC por la rom de N64 que quieras meter, y luego lo grabas en DVD o lo cargas por BBA.