No es raro que vayan a tirones si son películas comprimidas con mucha calidad, se debe a que el USB de la PS2 es 1.1, con lo que la velocidad de transferencia es baja.
Además suele pasar más cuando las escenas cambian rápidamente (por ejemplo una persecución), porque se mueven mucha más cantidad de datos que en escenas donde la cámara es casi fija o no varía por un tiempo (diálogos, por ejemplo).
Vamos, que la limitación es de la ps2, lo que puedes hacer es intentar recomprimir la película a una calidad un poquito más baja (bajando el bitrate)