mmmmmm, con razon el ps2 no te reconoce las particiones. Mira necesitas crear particiones .ps2, para que a esas particiones les puedas meter lo que quieras desde videos, hasta app para la ps2.
Los programas que necesitas son:
HDDFormat
PS2Os,
Ya que crees la particion, necesitas pasar los archivos mediante FTP, o tambien con un programa llamado PFS Explorer (el unico incoveniente es que no soporta particiones de mas de 1GB).
Espero que con esto te haya resuelto algunas dudas, saludos.