Depende tus fines.
Yo por ejemplo en el caso de instalar canales (VC y WiiWare) prefiero usar uLoader, pues además de que no tengo que preocuparme por el tema del "desgaste" de la Nand, tampoco tengo que preocuparme por temas de espacio o del tiempo que tarda en transferirse un canal desde la SD. Con excepción de algunos juegos incompatibles, creo que es la mejor opción.
Otra opción es Triiforce para canales de juegos, sin embargo, en mi experiencia se corrompen fácilmente las partidas y carece de soporte On-line por las restricciones del cIOS de Waninkoko.
Sneek aun me parece poco práctico con respecto a uLoader y Triiforce. Cuando se necesitan hacer pruebas (por ejemplo canales custom o modificaciones al sistema) es muy útil, pero en mi caso que no toco el sistema para esos menesteres, no es de mi interes (quiza en el futuro, si la cosa pinta bien para emular GC desde SD/USB)