Lo acabo de hacer hace cinco minutos con una DSIXL y un m3i zero y ningún problema. Siempre que tengas actualizado tu m3i zero a la última versión tanto de core (firmware) como de sistema.
Como te he dicho, entra en la web que te he indicado, bájate el core de tu tarjeta, pon el archivo en la SD, conecta el M3i al ordenador con el cable micro usb proporcionado con la M3i y espera a que pare de parpadear el piloto.