Yo normalmente uso booking o venere, o busco la web oficial de un hotel que haya visto en esas páginas y si tienen el mismo precio reservo desde ahí.
Nunca he tenido ningun problema xD Incluso cuando curraba en agencia de viajes, me pillaba los hoteles on-line porque me salia bastante mas barato.
Sobre vuelos, suelo aprovechar las ofertas de Vueling o uso macrobuscadores de vuelos.