A mi me pasa lo mismo, pero con la game cube jap, cuando le pongo un juego a 50 hz. Por ejemplo, resident 2/3. Con el 4 seleccionando 60 hz, se ve bien.
Revisa la configuracion de tu tv, a ver si lo tienes el refresco en automatico y por defecto esta en 50 hz, y cambialo de pal b/g a ntsc (o algo asi debe poner).
P.d. En mi lcd, no se puede cambiar, o no he sabido, a menos que haya que entrar en el menu de servicio, y de todas formas, voy a jugar en la crt. La diferencia.entre neo geo.a, por ejemplo snes, es abismal!!!
Edit. Fijate que el.conector scart, tenga todos los pins (o se dice pines?) y que al encender la consola, se cambie de canal sola la tv.
Si no es asi, tienes lo mismo que el av, solo que en estereo!!!