Una alternativa que te puedo dar, para un servidor sin interfaz gráfica, es rtorrent. Se trata de un cliente torrent por terminal, que se suele acompañar de rutorrent, una interfaz gráfica vía web para el mismo. Su característica principal es que es un cliente con un buen rendimiento, que sirve como una muy buena alternativa a Transmission en equipos de bajas prestaciones, contemplando especial importancia en routers con OpenWRT, donde muchas veces Transmission es demasiado pesado y produce bajadas de velocidad, reinicios, bloqueos, etc.
Si tienes interfaz gráfica, puedes usar por ejemplo Ktorrent o Deluge, que tienen también interfaz web, y te permiten seleccionar qué archivos descargar -al menos que yo sepa Ktorrent, desde interfaz web, puedes-.
