Yo todos los emuladores que tengo (aunque ahora estan en el disco) funcionan desde cd.
MameX, Msm, dGenX, xsNes9x... Absolutamente todos...
Creo que hay uno de GBA que no funcionaba porque escribia unos ficheros temporales en la raiz (y logicamente en un cd no puede).
Hay un hilo (actualmente abierto) de Kamainae qure trata de problemas con emuladores. Esta de PM. Seguro que alli solucionan tu problema...
Salu2.