Pues para que quede claro, si arrancas el ExecFTP desde un disco USB debe de tener el archivo "CONFIG.DAT" en la misma carpeta donde se encuentre el ELF.
Ahora, para que puedas tener acceso al disco duro de la consola el servidor ExecFTP debes de correrlo desde la MC, desde el HD o de otro lugar no te permitira ver el disco duro de la PS.
Ya que corras desde la MC y uses el FlashXP o el cliente FTP que gustes podras ver las particiones del disco duro "/hd/0/" pero no podras hacer nada hasta que antes no hayas "montado" una particion -recuerda que no soporta las hechas por HDL/HDA-, para lo cual en FlashXP pulsas Ctrl+R y en la ventana que aparece pones "SITE MNT /pfs/0/ hdd/0:{el nombre de la particion}", si todo salio bien, busca en /pfs/0/ y veras el contenido de la particion que acabas de montar.
Revisa el archivo readme del ExecFTP para mas informacion sobre esto.