Hola,
para la GBM pillate un EZFLASH III, y para la Ds cojete otro distinto, no podras tener juegos de ds y GBA juntos en el eZFLASH, porque antes de empezar te preguntara para que consola és, es mi recomendacion, con el EZ tmb te sirve para ds pero es algo mas complejo de configurar. Con lo cual una Supercard por ejemplo te sale economico y superfacil de manejar (para la DS).
En cuanto a los dos apartados es cierto, un apartado es de 256 mB, para los juegos que ocupen ese tamaño, el resto de juegos van en el otro apartado de la memoria, es decir en en apartado de 256 mb tendras un juego y en la otra parte el resto de los juegos, parece complicado pero lleva un software muy sencillo. (Te hablo de los juegos de GBA) para la DS no se como funciona el tema.
Saludos.