Claro que puedes, ya que la finalidad del protocola FTP es esa, como su nombre indica "File Transfer Protocol" o "Protocolo de transferencia de archivos". Su uso es muy facil con un cliente ftp te conectas a un servidor y una vez alli sera como navegar por tu disco duro con directorios y subdirectorio, y lo que te interese te lo copias a tu HD.
Salu2.