No se si te habré entendido bien pero con c# lo unico que puedes hacer es una gui que haga lo mismo que este bat. Si no sabes lenguaje batch pos paseate por internet que hay bastantes tutoriales ademas de ser muy facil. Aunque la duda que tengo es si el soft que ejecuta dicho bat es apto para ser ejecutado desde windows y no para ms-dos. Saludos