Yo tengo el hd advance tambien, pero no utilizo ningun otro disco de carga para pasar mis copias de seguridad al disco duro.
Los pasos que sigon son:
1º Arranco la ps2 con el hd advance.
2º Una vez que aparece el menu meto un juego de mayor toc (tamaño) que el juego que quiero instalar en el disco duro. Yo utilizo el devil may cry. Cambia el disco del hd advance por el juego original apretando eject.
3º Una vez que la ps2 ha reconocido el juego que vas a usar para lo del toc dale a convert (si viene en ingles) es la segunda opcion empezando por arriba del menu de la derecha.
4º Te aparece un mensaje preguntandote si quieres confirmar el volcado al disco duro o cancelar. En este momento es cuando debes cambiar el juego original por la copia que quieres meter en el disco duro utilizando cogswap.
5º Aprieta go y te pedira que le des un nombre al juego que quieres volcar al hd.
6º Cuando acabes de escribir el nombre aprieta done y el volcado empezara automaticamente.
No deberias de tener ningun problema a no ser que la copia de seguridad estuviera mal hecha.
De todas formas, y que alguien me corriga si me equivoco, el hd no puede ser mayor de 127 gigas aunque si a ti te funciona con los que has grabado desde el pc no debiera darte fallos.
Suerte.
P.D.: No he instalado ningun juego en cd en el hd, aunque creo que el sistema es el mismo pero utilizando el disco cd del hd advance.