Como bien te comenta willsmith, una vez que importas las fotos al iPhoto, puedes borrarlas del disco duro si quieres, ya que automáticamente iPhoto guarda todo en la carpeta iPhoto Library, donde lo organiza a su manera.
Así que si quieres pasar fotos, no te compliques, las pasas al iPhoto, las organizas en el propio programa y te olvidas de las carpetas de tu disco duro, directamente las puedes borrar, así de sencillo, una vez que te acostumbras es una maravilla.