Depende del juego; si es un juego en el cual la pantalla táctil se usa poco yo suelo usar los dedos. Si en cambio es un juego que la pantalla táctil es más usada pues uso el stylus, tanto por comodidad como sobretodo precisión.
También he de decir que el uso del stylus en una New 3DS XL es algo "incómodo" ya que al ser la pantalla tan grande no es tan cómodo como cuando jugaba en mi DS que sin apenas movimiento de la mano (sólo tenía que alargar los dedos con los que sujetara el stylus) alcanzaba todos los rincones de la pantalla con el stylus. En la versión XL has de hacer mayor recorrido con la mano para llegar a todos los rincones de la pantalla. No es algo que me incomode demasiado ni interfiere en la jugabilidad, pero justamente para jugar con el stylus una pantalla un pelín más pequeña es más cómodo creo yo.