Bien, leyendo hilos no paro de ver preguntas sobre si es necesario meter las carpetas de codigo fuente (normalmente llamadas source o src) junto con el Eboot.pbp, la respuesta es no, esas carpetas continen el codigo del programa sin compilar y, a no ser que querais modificar el programa, no os serviran de nada.
Esper que esto sirva para que os aclareis