Por partes, el tamaño maximo de las tarjetas segun he visto es este:
CF: 8 GB
SD: 4 GB
MiniSD: 2 GB
MicroSD: 1 GB
Yo gasto una MiniSD de 2 GB, pero entre que tengo bastantes juegos, musica, videos, mangas y homebrew los 2 GB se me hacen un poco escasos asi que me cogere otra MiniSD para Homebrew y Multimedia.
Por lo que la CF es el formato de mayor capacidad aunque tambien de mayor tamaño, sobre sale un buen cacho.
Otra cosa si tienes una Flashcart de una determinada tarjeta, solo vas a poder meterle esa determinada tarjeta u otras similares con algun adaptador como es el caso de SD, MiniSD y MicroSD.
Puedes meter los juegos que quieras y en el menu ya elijes el que quieres