Puedes ponerle lo que quieras a tu Nintendo DS sin anular la garantia.
Lo que no puedes hacer es "Flashear" la consola, proceso que sirve para que puedas bootear backups de NDS desde el Slot 2 (el de GBA) desde un Flashcart correspondiente.
Los Flashcarts como el M3 Simply son de Slot 1, y no necesitan que Flashees la consola, así que no anulas la garantia.